COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 6.979911 6.979911 5.238143
2021-07-17 17:00:00 5.740192 5.740192 5.007847
2021-07-16 17:00:00 6.134372 6.134372 4.780659
2021-07-15 17:00:00 5.517970 5.517970 4.572419
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 4.338082
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 4.087148
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.845611

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 3.159174 3.159174 2.612350
2021-07-17 17:00:00 1.696607 1.696607 2.552164
2021-07-16 17:00:00 1.839588 1.839588 2.551552
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 2.623861
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.656336
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.679379
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.822241 2.697402

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 5.022831 5.022831 3.676831
2021-07-17 17:00:00 4.347826 4.347826 3.614504
2021-07-16 17:00:00 6.097561 4.504505 3.498719
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.222222 3.557881
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.598540
2021-07-13 17:00:00 1.282051 3.846154 3.584388
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 3.464088

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 2.719665 2.719665 2.552258
2021-07-17 17:00:00 3.455285 3.455285 2.447531
2021-07-16 17:00:00 4.466357 2.697216 2.428992
2021-07-15 17:00:00 1.882353 1.882353 2.430364
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.393353
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.322319
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.759346 2.228477

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 9.124907 9.124907 8.417452
2021-07-17 17:00:00 8.016167 8.016167 8.306554
2021-07-16 17:00:00 9.995100 9.995100 8.304634
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 8.230036
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 8.288261
2021-07-13 17:00:00 4.194941 4.194941 8.165420
2021-07-12 17:00:00 8.185053 9.011494 7.979541

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 20.604183 20.604183 12.328202
2021-07-17 17:00:00 11.010638 15.198238 11.688316
2021-07-16 17:00:00 14.556041 14.556041 11.053107
2021-07-15 17:00:00 12.261380 12.261380 10.452670
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.484409 9.744176
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 8.977865
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.556925 8.327868

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 1.760176 1.760176 1.669084
2021-07-17 17:00:00 1.737116 1.737116 1.663197
2021-07-16 17:00:00 2.233677 2.233677 1.656688
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.675997
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.562500 1.699434
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.703306
2021-07-12 17:00:00 5.821918 1.637765 1.697875

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 13.644264 13.644264 6.859390
2021-07-17 17:00:00 13.638843 5.673759 6.745082
2021-07-16 17:00:00 11.899006 5.157131 6.478086
2021-07-15 17:00:00 9.067557 4.520935 6.287892
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 6.065346
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.795618
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.554156

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 3.951701 3.951701 2.533114
2021-07-17 17:00:00 2.476362 2.476362 2.388921
2021-07-16 17:00:00 3.018446 3.018446 2.266408
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 2.132130
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 2.020723
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.868530
2021-07-12 17:00:00 1.090909 0.576369 1.721591

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 4.117385 4.117385 3.965941
2021-07-17 17:00:00 3.991616 3.991616 3.792446
2021-07-16 17:00:00 4.376920 4.376920 3.595062
2021-07-15 17:00:00 4.817906 4.817906 3.412152
2021-07-14 17:00:00 4.700090 4.700090 3.163048
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.923969
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 2.654962

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 4.129387 4.129387 3.462037
2021-07-17 17:00:00 4.048892 4.048892 3.363305
2021-07-16 17:00:00 4.224208 4.224208 3.251205
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 3.240151
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 3.244418
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.251682
2021-07-12 17:00:00 2.506964 0.767918 3.150575

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 2.708333 2.708333 3.114078
2021-07-17 17:00:00 2.227723 2.227723 2.911219
2021-07-16 17:00:00 5.778894 5.778894 2.815964
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 2.622170
2021-07-14 17:00:00 2.020202 4.463040 2.464355
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 2.271687
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 2.098705

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 9.933775 9.933775 7.065148
2021-07-17 17:00:00 13.229572 5.058366 7.034392
2021-07-16 17:00:00 7.042254 7.042254 7.131216
2021-07-15 17:00:00 11.224490 6.122449 6.881444
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 6.659714
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 6.500179
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 6.277169

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 3.791469 3.791469 3.453509
2021-07-17 17:00:00 3.316327 3.316327 3.209505
2021-07-16 17:00:00 5.518395 5.518395 2.971308
2021-07-15 17:00:00 3.565891 3.565891 2.737362
2021-07-14 17:00:00 4.395604 4.395604 2.515174
2021-07-13 17:00:00 2.087683 2.087683 2.266560
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.363306 1.999514

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 2.260053 2.260053 1.593493
2021-07-17 17:00:00 1.113586 1.113586 1.508303
2021-07-16 17:00:00 2.680653 1.258741 1.459414
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.438284
2021-07-14 17:00:00 1.758058 1.758058 1.394756
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.336751
2021-07-12 17:00:00 1.080737 1.080737 1.283125

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 13.157895 4.898530 3.143432
2021-07-17 17:00:00 5.389222 2.927478 3.020467
2021-07-16 17:00:00 3.271693 3.271693 2.914619
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 2.913909
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.878223
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.168044 2.902682
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 2.922389

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 10.949248 10.949248 6.604753
2021-07-17 17:00:00 7.229833 8.866076 6.134187
2021-07-16 17:00:00 5.615724 6.555842 5.713244
2021-07-15 17:00:00 4.942630 4.942630 5.294217
2021-07-14 17:00:00 6.198347 6.198347 4.817639
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 4.387962
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.433787 3.936175

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 12.801014 12.801014 8.058241
2021-07-17 17:00:00 9.757754 9.757754 7.673104
2021-07-16 17:00:00 8.371286 8.371286 7.386391
2021-07-15 17:00:00 8.847118 8.847118 7.020601
2021-07-14 17:00:00 5.933251 5.933251 6.606578
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 6.221447
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 5.855153

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 5.746039 5.746039 2.351831
2021-07-17 17:00:00 4.517705 1.831502 2.239572
2021-07-16 17:00:00 3.532609 1.849916 2.156916
2021-07-15 17:00:00 3.402163 1.769912 2.095594
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 1.984491
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.903503
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.526188 1.812871

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 12.570356 3.283302 3.419508
2021-07-17 17:00:00 6.423983 6.423983 3.354688
2021-07-16 17:00:00 11.691023 3.340292 3.266914
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 3.167504
2021-07-14 17:00:00 2.459016 2.459016 3.002749
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.787968
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.846561 2.662328

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 0.913242 0.913242 0.593505
2021-07-17 17:00:00 0.904977 0.904977 0.536019
2021-07-16 17:00:00 2.358491 0.471698 0.497450
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.464991
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.454998
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.412593
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.386676

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-18 17:00:00 6.928702 6.928702 7.100797
2021-07-17 17:00:00 7.911924 7.911924 6.904831
2021-07-16 17:00:00 10.255792 10.255792 6.646870
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 6.267050
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 6.120414
2021-07-13 17:00:00 6.082375 6.082375 5.826232
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 5.574055

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.159174 3.159174 2.612350
Basilicata 5.022831 5.022831 3.676831
Calabria 2.719665 2.719665 2.552258
Campania 9.124907 9.124907 8.417452
Emilia-Romagna 20.604183 20.604183 12.328202
Friuli Venezia Giulia 1.760176 1.760176 1.669084
Lazio 13.644264 13.644264 6.859390
Liguria 3.951701 3.951701 2.533114
Lombardia 4.117385 4.117385 3.965941
Marche 4.129387 4.129387 3.462037
Molise 2.708333 2.708333 3.114078
P.A. Bolzano 9.933775 9.933775 7.065148
P.A. Trento 3.791469 3.791469 3.453509
Piemonte 2.260053 2.260053 1.593493
Puglia 13.157895 4.898530 3.143432
Sardegna 10.949248 10.949248 6.604753
Sicilia 12.801014 12.801014 8.058241
Toscana 5.746039 5.746039 2.351831
Umbria 12.570356 3.283302 3.419508
Valle d'Aosta 0.913242 0.913242 0.593505
Veneto 6.928702 6.928702 7.100797

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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